放り投げられた男児の両親が26日に警察へ被害届を提出しました。
業務上過失致傷容疑の適用を視野に捜査が進んでいる様子です。

男児投げられ頭骨折 京都府警、業務上過失致傷の適用視野に保育園を捜査 
2014.7.29 06:00 [westナビ]

 京都市伏見区の民営認可保育園「春日野園」で6月、5歳の園児が女性職員に棚の上からほうり投げられ、頭蓋骨を折る重傷を負っていたことが28日、捜査関係者への取材で分かった。京都府警山科署が業務上過失致傷容疑の適用を視野に捜査している。

 同園に対し特別監査を行った京都市などによると、6月13日午前10時半ごろ、3人の園児がふざけて棚の中に入っていたため、女性職員が次々に園庭にほうり投げた。そのうち5歳の男児1人が置いてあった太鼓か樹脂製のカラーボックスに頭をぶつけ、市内の病院で頭蓋骨の陥没骨折と診断された。

 女性職員は当初、保護者らに「つまずいて転んだと思う」などと説明。しかし同17日に市に匿名の通報があり、改めて調べたところ女性職員は「注意するつもりだったが頭に血がのぼっていき過ぎてしまった」とほうり投げたことを認めた。今月5日になってけがとの因果関係にも言及。男児の両親が26日、同署に被害届を提出した。

 女性職員は保育士資格を持っておらず、市は無資格者による保育が常態的に行われていたとして23日付で同園に改善を勧告した。同園は取材に「責任者がいないので対応できない」としている。

http://sankei.jp.msn.com/west/west_affairs/news/140729/waf14072906000003-n1.htm

放り投げたという行為自体は認めており、業務上過失致傷容疑が適用される事案でしょう。
書類送検で済まされるのか、それとも逮捕されるかは分かりません。
ざっと調べた限り、同種事案・同容疑で逮捕に至ったケースは見つかりませんでした(業務上過失致死容疑はあります)。

様々な方面から検討を重ね、今後の方針が決められるのでしょう。